Petunjuk Menggambar Molekul
Ketika anda membuka Avogadro tanpa memuat file berarti otomotatis untuk menggunakan Draw Tool. Alat ini adalah utama yang akan digunakan saat
menggambar molekul baru. Layar ditembak di bawah ini menunjukkan Avogadro. Alat dock terletak di atas
tangan kiri dari interface dilambangkan dengan ikon pensil.
Anda dapat memilih elemen yang anda ingin gunakan dengan
mengklik menu drop-down yang tertera 'Carbon ( 6 )' pada screenshot. Unsur umum dalam drop down, jika unsur yang ingin anda gunakan tidak ada dalam
daftar kemudian memilih 'Other ... ' akan memunculkan tabel periodik penuh.
Klik kiri sekali pada unsur akan memunculkan rincian
lebih lanjut dari unsur dalam kotak besar di atas tengah. Mengklik ganda pada sebuah unsur akan memilih unsur dan menutup tabel periodik. Anda juga tetap dapat
membuka tabel periodik dan klik pada unsur yang ingin anda gunakan,
klik pada tampilan OpenGL tengah untuk menggunakan unsur yang sedang dipilih.
Setelah anda memilih unsur, anda dapat klik kiri pada tamplan hitam. Ini akan menempatkan satu atom dari unsur yang anda pilih. Jika opsi 'Adjust Hydrogens'
dicentang maka jumlah hidrogen yang sesuai akan ditambahkan ke molekul untuk
valensi normal. Menghapus centang dari kotak akan menghentikan hal yang sedang dilakukan .
Deletion
Jika anda menyadari Anda telah membuat kesalahan atau ingin
menghapus atom tertentu maka mengklik kanan pada atom akan
menghapusnya. Perhatikan bahwa jika 'Adjust Hydrogens' dicentang maka anda
tidak dapat menghapus hidrogen yang ditambahkan sebagai fungsi Adjust Hydrogens yang akan menyesuaikan jumlah hidrogen secara otomatis sehingga penambahan hidrogen yang dihapus kembali
lagi.
Building Molecules
Untuk benar-benar membangun sebuah molekul lengkap anda
mungkin akan ingin menggambar sesuatu yang lebih kompleks. Klik kiri pada
atom yang ada, tetap tekan tombol mouse dan drag ke lokasi lain untuk menciptakan ikatan antara atom yang ada dan yang baru. Orde ikatan dapat
dipilih dalam menu 'Orde Ikatan '. Atau klik pada ikatan akan
menyesuaikan ikatannya (single, double, triple).
Jika anda ingin mengubah atom yang ada sehingga unsur lain dengan mudah memilih unsur yang diinginkan dan klik pada atom yang ada. Menyesuaikan hidrogen dapat digunakan untuk 'tumbuh' molekul dengan mengubah hidrogen . Hal ini memungkinkan untuk membangun banyak struktur menggunakan
alat ini .
Avogadro juga memiliki 'Fragment Library' yang
memungkinkan Anda untuk menelusuri daftar fragmen molekul , memilih salah satu
dan masukkan ke dalam molekul yang ada.
Optimizing the Geometry
Avogadro memiliki tiga medan gaya yang tersedia yang dapat
digunakan untuk mengoptimalkan struktur molekul yang digambar. Standarnya
menggunakan MMFF94 yang dapat menangani struktur organik yang
paling umum . Jika anda telah menggunakan logam transisi anda mungkin ingin
menggunakan UFF yang dapat menangani setiap elemen . Cukup mengklik 'Extensions - > Optimize Geometry' biasanya cukup untuk mengoptimalkan struktur. Pengaturan kekuatan medan juga dapat diubah
dengan mengklik 'Extensions - > Molecular Mechanics - > Setup Force Field ... '
Gambar di atas menunjukkan sebuah molekul yang digambar menggunakan Draw Tools dan kemudian dioptimalkan menggunakan pengaturan standar dari kekuatan medan untuk mengoptimalkan geometri molekul .
Manipulating Molecules
Anda tidak selalu bisa melakukannya dengan benar saat pertama membuatnya, atau mungkin optimasi geometri belum memberikan anda geometri yang menarik. Avogadro memiliki dua alat untuk membantu dengan memanipulasi
molekul yang telah digambar. Mereka adalah Bond
Centric Manipulate Tool dan
Manipulate Tool. Kedua perangkat tersebut memungkinkan anda untuk memanipulasi molekul
yang ada.
Banyak alat dapat bekerja di kedua atom yang diklik atau atom yang dipilih. Select Tool memungkinkan anda untuk membuat pilihan dan kemudian
bekerja pada pilihan ini menggunakan alat yang berbeda. Misalnya satu grup dengan lima atom dapat dipilih menggunakan Select Tool dan kemudian atom-atom dapat
dipindahkan dengan memilih Manipulate Tool dan mengklik kiri pilihan sambil menggerakkan mouse sampai konfigurasi yang diinginkan diperoleh .
Undo / Redo
Avogadro mendukung undo / redo. Semua operasi menggambar dapat dibatalkan dan diulang dengan menggunakan menu yang sesuai dalam
menu edit. Jika anda membuat kesalahan cukup pilih 'Edit - > Undo ' (
atau Ctrl + Z ).
Save
Setelah anda puas dengan molekul yang telah
digambar anda dapat menyimpannya dengan menggunakan ' File-> Save As ... ' pada menu. Jika tidak ada extension yang diberikan Avogadro akan langsung menggunakan CML yang merupakan
standar penyimpanan jika Anda tidak yakin format apa yang dipakai .
0 comments:
Post a Comment